سده نهم هجري در تاريخ فعاليت گروه ها و جنبش هايي با گرايش هاي شيعي اهميت بسياري دارد. خيزش نوربخشيان، صفويان و مشعشعيان در زمره اين گروه ها و جنبش ها قرار دارند، که به رغم تمايز عناصر نژادي مخاطبان و حاميان آنها، و تفاوت مناطق فعاليت، همه اين گروه ها در رويکردي مبالغه آميز به تشيع همانند بودند. از جنبشهاي مذکور، صفويان و مشعشعيان موفق به تشکيل حکومت شدند، با اين تفاوت که حکومت مشعشعیان، برخلاف صفویان، فراگیر و دیرپا نبود.

از آغاز تا انجام جنبش و حکومت مستقل مشعشعیان حدود هفتاد سال به درازا کشید(ظهور سید محمد بن فلاح حدود 840 ق.، برافتادن حکومت مشعشعیان به دست اسماعیل یکم صفوی 917 ق.). اما پس از چیرگی صفویان بر مشعشعیان حیات آنها به شکل فرمانروایی وابسته و پیرو صفویان ادامه یافت. در واقع مشعشعیان دو دوره متمایز: 1) جنبش حکومت مستقل (914 – 840 ق) و 2) دوره فرمانروایی تحت تابعیت (والی گری)(1135 – 914 ق.) راتا پایان دوره صفوی سپری کردند. و پس ا ز آن تا اویل حکومت پهلوی همچنان در حویزه حضور داشتند. در این نوشتار، از سویی، مشعشعیان به عنوان یک خیزش اجتماعی متاثر از شرایط سیاسی، اجتماعی و فرهنگی سده نهم هجری، به ویژه منطقه جنوب بین النهرین و خوزستان معرفی شده و همچنین از چگونگی شکل گیری و رهبری آن سخن به میان آمده است. این روند در مرحله حکومت مستقل و سپس دوران فرمانروایی پیرو و وابسته به حکومت صفویه نیز دنبال شده است. از سوی دیگر، به ماهیت فکری و اعتقادی مشعشعیان، که معمولا در زمره گروه ها و خیزشهای شیعه غالی محسوب می شوند، توجه شده و در این بعد، به مهم ترین اصول بنیادی اندیشه ای، و تحولات فکری آنها پرداخته شده است. در واقع مشعشعیان به عنوان جنبشی با ویژگیهای سیاسی ـ اجتماعی، و همچنین گروهی با ماهیت فرقه ای و مبتنی بر ویژگیهای اعتقادی خاص  نگریسته می‌شوند.

همچنین، به عنوان جنبشی برخوردار از حمایت نظام قبیله ای اعراب منطقه مذکور و متاثر از مقتضیات چنین نظامی به شمار می‌رود. از حیث اعتقادی و فرقه ای، تاملات سید محمد بن فلاح با محوریت دو اصل مهدویت و الوهیت تنظیم شده و به نظر می رسد او از منظری نو به این دو اصل نگریسته اما این نگرش جدید سید محمد بن فلاح جایگاه او را تا مرتبه موسس مکتب اعتقادی بالا نمی برد. در واقع، اهمیت اندیشه های او، بیشتر در ترکیب نوین ماترک گذشتگان، در زنجیره جریان اعتقادی ملخم از تصوف و تشیع است. از این رو، به کارگیری اصطلاح فرقه، با مفهوم تاسیسی و اعتقادی محض، منطبق با ماهیت خیزش مشعشعیان نیست. همچنان که سید محمد بن فلاح، به رغم تاثیرپذیری از اندیشه های متصوفانه و سلوک به برخی شیوه های آنها، هیچگاه موسس و رهبر طریقت تصوفی نبود. از این رو، با توجه به ناکارآمدی کاربرد تعابیر (فرقه) و (طریقت) درباره ماهیت فکری ـ اجتماعی مشعشعیان، نمی توان منکر سازگاری اصطلاح جنبش (نهضت) به حرکت اجتماعی پیروان سید محمد بن فلاح شد: مشعشعیان، متاثر از شرایط اجتماعی، اقتصادی، و سیاسی سده نهم هجری، پاسخ بسیاری از پرسشها و نیازهای خود را در تعالیم سید محمدبن فلاح دیدند و به دنبال دعو ت او حرکت اجتماعی را در براندازی مراجع قدرت سیاسی منطقه خوزستان و جنوب بین النهرین آغاز کردند و در نهایت موفق به پی ریزی حکومتی مستقل شدند.

تفکرات اعتقادی والیان مشعشعی دوره سید محمد و پسرش مولا علی (۸۴۰ ـ ۸۷۰ قمری) مرحله شکل‌گیری و شتاب خیزش مشعشعیان به شمار می‌آید. در این مرحله اقدامات نظامی بر علیه قبایل ساکن منطقه، به شکلی خشن و سخت بروز یافت و با جلوه‌های افراطی در باورهای اعتقادی به‌ویژه نزد مولا علی توأم شد. تصرف هویزه (۸۴۵ قمری) نقطه عطفی در تحرک این جنبش بود که بعد از قتل مولا علی نیروی افراطی این نهضت، سید محمد (درگذشتهٔ ۸۷۰) جنبش را به شیوه‌ای آرام هدایت کرد. بعد از سید محمد هیچ‌کدام از اینها مانند وی ادعای مهدویت نکردند ولی کم‌وبیش به قوانین و مقرراتی که او وضع کرده بود پای‌بند بودند. پس از مرگ سید محمد، نوبت به فرمانروایی درازمدت سید محسن رسید که طی آن قلمرو حکومت مشعشعیان به اوج گسترش خود رسید. سید محسن در سال ۹۰۵ قمری درگذشت. بعد از سید محسن، برادرانش سیدعلی و سید ایوب به حکومت رسیدند که حکومت اینها با حکومت شاه اسماعیل صفوی هم‌زمان بود. منابع اطلاعات متفاوتی از علل و چگونگی حمله صفویان به مشعشعیان ارائه می‌دهند. قاضی نورالله شوشتری می‌نویسد که برخی بدخواهان به گوش شاه اسماعیل رسانیده بودند که علی و ایوب راه عموی خود مولا علی را در پیش گرفتند و مثل او غالی هستند و در دین غلو می‌کنند. از این رو، شاه اسماعیل با سپاهی مجهز عازم خوزستان شد و با وجود اظهار ارادت و محبت علی و ایوب به شاه و رد اتهامات وارده، شاه هر دو آنها را بقتل رسانید و با این کار به حکومت مستقل و معنوی مشعشعیان پایان داد. از آن به بعد، آنها بیش از دویست سال به‌صورت والی دست‌نشانده پادشاهی صفویه بر منطقه حویزه در جنوب غربی خوزستان حکومت کردند.

در سال ۸۴۵ قمری سید محمد مشعشع با بسیاری از عشایر کوچرو عرب به خوزستان حمله کرد و هویزه و آن حدود را تصرف کرد. بنیان‌گذار فرمانروایی عشیره‌ای مشعشعیان، سید محمد بن فلاح، معروف به سید محمد مشعشع بود که در حدود سال ۸۴۰ ه‍. ق به دعوی مهدویت برخاست. سید محمد بن فلاح در نخستین اقدامات خود هویزه را از فرمانروایی والیان حکومت تیموری خارج ساخت. بعد از مرگ محمد در ۸۷۰ پسرش سید محسن مشعشعی جانشین او در منصب امارت شد و بعد از مرگ او پسرانش سید علی مشعشعی و ایوب مشعشعی روی کار آمدند. از آغاز تا انجام، جنبش و حکومت مستقل مشعشعیان حدود هفتاد سال به درازا کشید. با این وجود، شاه اسماعیل صفوی در سال ۹۱۴ با سپاهی مجهز عازم خوزستان شد، و با وجود اظهار ارادت و محبت علی و ایوب به شاه، به اتهام غالی‌گری هر دو آنها را کشت، و به استقلال خاندان مشعشعی در خوزستان پایان داد. اما چندی بعد حکومت هویزه و نواحی عرب‌نشین خوزستان را به سید فلاح مشعشعی (درگذشتهٔ ۹۲۰) پسر دیگر سید محسن واگذار کرد. از آن پس فرزندان فلاح مشعشعی در آن حوزه از جانب پادشاهان صفوی حکومت موروثی داشتند و مرکز حکومت آنها هویزه بود. دوران حکمرانی آل مشعشع تا پایان دوران صفوی ادامه یافت، و این دوران شاهد درگیری و تفرقهٔ میان مشعشعیان بود و با عزل و نصب امیران مشعشعی از جانب پادشاهان صفوی همراه بود. در سال ۱۱۳۲ امارت به سید محمد مشعشعی رسید و ظاهراً همین سید محمد بود که در گیر و دار هجوم افغان‌ها و برافتادن صفویان بارها به دستگاه شاه سلطان حسین خیانت کرد. با این حال محمود افغان در ۱۱۳۵ امارت هویزه را بار دیگر به سید علی مشعشعی برادر و رقیب او داد. یک سال بعد، نادر شاه هویزه را تصرف کرد، و چندی بعد حکومت مشعشعیان را برانداخت و از سال ۱۱۵۰ حکمرانان منصوب خود را در هویزه نشاند. پس از آن باز مشعشعیان در زمان‌هایی در هویزه نفوذی اندک به دست می‌آوردند. در اواخر عهد نادر شاه، مولا مطلب مشعشعی شورش کرد و او را آخرین والی معروف هویزه از آل مشعشع می‌دانند. از آن پس حاکمان مشعشعیان نتوانستند قدرت سابق خود را در خوزستان بازیابند. مشعشعیان تا ابتدای حکومت رضا شاه پهلوی همچنان در هویزه حضور داشتند.