مراحل سیر تکامل فقه سیاسی به اختصار در ایران اینگونه بوده است:

 

1)    مکتب محدثین قم و ری: یکی از اولین مکاتب که در سال های اغازین غیبت شکل گرفته است. در این مکتب روایت جایگاه فتوا به خود گرفته و به عنوان فتوا نقل میشد. فقاهت در این مکتب عبارت بود از افتا بر طبق متن روایات. بر این اساس تکیه بر متن احادیث و گردآوری آن، مهمترین مشخصه مکتب قم بود که اعتقاد به عدم اعتبار عقل در استنباط احکام شرعی و صرف پیروی از احادیث ویژگی اصلی آن می باشد.
2)    مکتب شیخ مفید: این مکتب پس از دو جریان موازی مکتب قم و ری و مکتب اجتهاد و استنباط به وجود آمد. مکتب قم از اجتهاد مصطلح مرسوم تهی بود و در مقابل فقیهانی چون ابن جنید در فتاوای خود، از آموزه های اهل بیت بهره کافی را نمی بردند لذا فتاوای شاذ و نادر گاها از سوی انها صادر میشد و شبهه تبعیت از اهل سنت را به همراه داشت. لذا شیخ مفید ضرورت ساماندهی فقه شیعه به صورت متمایز را درک کرده و در صدد تدوین مجموعه ای فقهی بود. مهم ترین ویژگی این مکتب توجه به عقل و قرار دادن آن در جایگاه خاص استنباط احکام شرعی بود. به قدرت رسیدن شیعه در ایران، موقعیت مناسبی را در اختیار محقق کرکی، فقیه صاحب نام قرار داد تا مسائلی شرعی مستحدثه را با استفاده از مکتب شیخ مفید و شیخ طوسی مورد توجه قرار دهد.
3)    اخباری گری: فقه اجتهادی شیعه در قرن دهم هجری با چالش جدیدی مواجه شد و آن ظهور اخباریگری بود. رییس این فرقه ملا محمدامین استر آبادی، روش قبلی را روش اهل سنت معرفی کرده و بر این باور بود که منبع استنباط فقه شیعه نه عقل و اجماع بلکه منحصر به کتاب و سنت بوده و عقل حجیت ندارد.
4)    عصر فقیهان متجدد: پس از دو قرن تسلط اخباریون، علامه وحید بهبهانی علم اجتهاد و اصول را برافراشت و توازن مکتب اخباری و اجتهاد را به نفع مکتب اجتهاد تغییر داد. این مکتب توسط فقیهانی مانند صاحب جواهر، ملا احمد نراقی و شیخ مرتضی انصاری به کمال رسید و تا امروز روش غالب در حوزه فقه است. در خصوص فقه سیاسی، تلاش سید محمد مجاهد در فتوای جهاد، ملا احمد نراقی در مستدل ساختن ولایت فقها، میرزای شیرازی در حکم تحریم تنباکو و میرزای نائینی در مورد مشروعیت، فصل جدیدی در حوزه فقه شیعه رقم زده است.
5) مکتب امام خمینی: امام خمینی در مکتب فقیهان سلف تحصیل کرده لذا در نقطه مقابل مکتب فقه قدیم قرار ندارد. اما این مسئله ایشان را از تحول و پیشرفت باز نداشته و وی باب هایی را در فقه شیعه گشود که سابقه نداشت. ایشان فقه را از قالب فقه فردی خارج کرده و نگرش حکومتی به فقه و رفع نیازهای شئون حکومت، از مهم ترین شاخصه های این نگرش محسوب میشود. از مولفه های عمده که در مکتب امام منحصر به فرد تلقی می شود، لحاظ کردن واقعیتهای اجتماعی است که راه را بر استنباط روزآمد و کارآمد می گشاید. لذا مسئله فقه سیاسی که زمانی در مباحث موردی و متفرقه ای مورد اشاره قرار میگرفت، با بهبود شرایط جامعه و تحول در فقه، در قالب نظریه ای برای اداره به کلان جامعه هویدا شده و سپس توسط امام خمینی از حالت نظریه به واقعیت تبدیل شده و لذا ایشان "ولایت مطلقه فقیه" را به عنوان نظریه ای جامع، جهت اداره نظام جامعه شیعه در عصر غیبت ارائه کرد.